確かにバージョンによって違いますね。どのバージョンでも出てきますが。基本、ずつきで木をゆらしてポケモンを引きずり出します。
金銀はこちらhttp://www.pokedex.jp/nest/gs_tree.htmlを
クリスタルはこちらhttp://www.pokedex.jp/nest/crs_tree.htmlを
参照してください。

失礼。
金銀は
www.pokedex.jp/..を
クリスタルは
www.pokedex.jp/..を