同人誌は主に二次元創作のことを思って頂いて構わないと思います。
同人、というのは一般的に漫画のキャラクターを無断で使用し描くことだと思われています。多少表現の仕方は違いますが噛み砕いて説明すればこうでしょう。なので、例を出せばREBORNの主人公を描く、となればもう立派な同人と呼べるのです。わざわざ出版社や作者に尋ねて許可を貰い描いたのではないでしょう？

同人誌というのは、一言でいえば同人の漫画です。
同人と版権はほぼ同じ意味だと思います。
自分の好きなキャラクター。例えば鋼の錬金術師で例を出すとして、その中にエドワードとロイがいますよね。原作では只の仕事での関係と位置付けられていますが、「その二人が好きで、くっつけたい。」と思い漫画を描きロイエドとして売る、となればそれは同人BL誌と呼ばれます。
BLと同人は違うんですよ。
私も同人誌作っていまして、多少の知識はございますので、もし説明が足りなければお話致します。
文章ぐちゃぐちゃですみません。