外装交換に出すと基本的には中のデータ全て消え購入時と同じ状態で返ってきます。
ただショップによってはセンターにデータ一括転送(設定や着歴全てのデータ)→返却時復元をやってくれるショップもあります。
しかし失敗するとデータが消失し復活が難しいので、ほとんどの店舗ではデータはお客様管理をお願いします。
失敗する可能もありますし、終了に出すとき返却時どちらも通常より時間もかかりますので時間に余裕があり失敗してデータ消失してもいい覚悟ならお願いしてみては？
ちなみにデータ量が多ければ多いほど失敗する確率が高いとのことです。