おそらくその先輩はあなたを異性として見ていて異性として仲良くしたがってるのではないかと思います
なので相手はただの先輩後輩としてでは仲良くしたいとは思ってないかもしれません

ですので脈がないことを伝えてから相手の態度が冷たくなることもありえますので、仲良くというのは難しいかもしれません

それを踏まえて相手に送るメールですが、
>>459でもいいと思いますが、自分なら
「返事遅くなってすみませんでした、これからも迷惑をかけることがあるかもしれませんが先輩後輩として仲良くしてください」みたいな感じで送ります