喉の奥にある口蓋扁桃（扁桃腺）をはじめとした咽喉内の扁桃は、進入してくる細菌やウイルスなどを殺し、体内への侵入を防ぐ働きがあるが、各扁桃の表面にある腺窩と呼ばれる小さな穴に、細菌の死骸や壊死した細胞片、食物のかすなどが溜まることにより形成される。大きなものでは直径3〜5mm程度、色は薄黄色、黄緑色または乳白色をしており、食物のかすや細菌の塊であるため、強い臭気を持つ。喉の構造や扁桃腺の形状などにより、膿栓が体外に出やすい人とそうでない人の個人差はあるが、膿栓自体は誰でも持っているものである。

また、特に冬は空気が乾燥し、細菌の付着した塵やほこりが舞い上がりやすくなるため、膿栓の量が多くなる、または大きめの膿栓が形成される傾向にある。